Haciendo click derecho a un panel en Gnome es posible marcar la opción “Auto hide” que oculta automáticamente la barra seleccionada, pero sin embargo se siguen viendo unos pocos píxeles de la barra en cuestión y que puede llegar a ser molesto.

Para que esto no suceda hay que editar un poco la configuración, para eso hay que ir al gconf-editor. Se puede acceder a él de distintas maneras:

1. escribiendo en una consola gconf-editor
2. Alt+F2 (se abre la ventana de “Ejecutar una aplicación”) y escribir gconf-editor
3. es posible que lo encuentres  en el menú Aplicaciones – Herramientas de sistemas – Editor de configuración

Una vez dentro vamos a la ruta: /apps/panel/toplevels/ y dentro de toplevels están enumerados como panel_0 panel_1  panel_2 … todos los paneles de tu escritorio, en mi caso panel_0 es el superior. Cuando lo seleccionas se abren muchas opciones para editar, y entre ellas se encuentra auto_hide_size a la cual habrá que darle de valor 0 para que no dejen rastros los paneles una vez ocultos.